Hóa đơn điện tử có giá trị về mặt pháp lý như hóa đơn giấy, đã được Bộ Tài chính chấp nhận và được quy định tại Thông tư 32/2011/TT-BTC về việc hướng dẫn khởi tạo, phát hành và sử dụng hoá đơn điện tử bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ và Thông tư số 64/2013/TT- BTC ngày 15/05/2013 hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP qui định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ (thay thế Thông tư 153/2010/TT- BTC).

Trên phương diện kỹ thuật, hoá đơn điện tử có đầy đủ thông tin, ngày giờ xuất hoá đơn, có chữ ký số của DN và mã vạch, mã code của cơ quan thuế để xác thực và bảo mật. Thêm vào đó, ứng dụng của hóa đơn điện tử cho phép doanh nghiệp có thể in hóa đơn điện tử và lấy chữ ký của khách hàng như hoá đơn thông thường, chính vì vậy khi vận chuyển hàng hoá trên đường, doanh nghiệp chỉ cần xuất trình mã code, hoặc có thể in hóa đơn điện tử.

Các ngành chức năng như công an, quản lý thị trường hay hải quan, khi kiểm tra sẽ dùng máy tính hoặc đơn giản chỉ là chiếc điện thoại thông minh để quét mã vạch hoặc nhập mã code vào ứng dụng của cơ quan thuế để so sánh, xác thực thông tin trên hoá đơn với hàng hóa thực tế. Do đó, doanh nghiệp hoàn toàn có thể yên tâm khi sử dụng hóa đơn điện tử.