Qua khảo sát tại các nước cho thấy, hóa đơn điện tử có rất nhiều ưu điểm. Trước tiên, doanh nghiệp sử dụng hoá đơn điện tử sẽ tiết kiệm được thời gian, chi phí in ấn, vận chuyển, bảo quản, lưu kho, giảm thiểu rủi ro thất lạc hoá đơn trong quá trình giao dịch mua, bán hàng hoá.

Việc sử dụng hoá đơn điện tử còn giúp doanh nghiệp chủ động trong các công việc khởi tạo và phát hành hoá đơn. Tất cả thông tin trên hoá đơn điện tử sẽ được tự động cập nhật vào hệ thống quản lý, mà không cần thêm một khâu nhập dữ liệu, do đó đơn giản hoá thủ tục, giảm thiểu được sai sót trong kê khai thuế và tiết kiệm thời gian.

Trong giao dịch mua bán hàng hoá, việc sửa chữa nội dung của hóa đơn điện tử là rất khó xảy ra, do dữ liệu lịch sử được lưu và bảo mật trên hệ thống máy tính của DN cũng như của cơ quan thuế. Trường hợp doanh nghiệp có mạng lưới kinh doanh rộng khắp toàn quốc, người bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ có thể kiểm soát được doanh thu hàng giờ thông qua việc kiểm soát phát hành hóa đơn, qua đó phục vụ hữu hiệu cho việc quản lý, điều hành.

Về phía cơ quan quản lý, việc triển khai hoá đơn điện tử sẽ giúp ngành thuế kiểm soát chặt chẽ quá trình tạo, lập và phát hành hoá đơn của người nộp thuế; hỗ trợ hiệu quả cho công tác đối chiếu, xác minh hoá đơn để phát hiện và xử lý kịp thời các hành vi sử dụng hoá đơn bất hợp pháp. Khi hóa đơn điện tử được sử dụng rộng rãi, nguy cơ làm giả hoá đơn sẽ được giảm thiểu vì mọi thông tin về hóa đơn đã phát hành, loại hóa đơn sử dụng có thể tra cứu được thông qua hệ thống cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế.